Repetitive DNA
Als repetitive DNA bzw. repetitive DNA-Elemente werden DNA-Bereiche im Erbgut bezeichnet, deren Sequenz aus sich wiederholenden Abschnitten besteht. Hier soll eine Zusammenfassung und Übersicht der Bezeichnungen dargestellt werden, nähere Beschreibungen finden sich unter den Links.
Einteilung
| Name | Abk. | Basenpaare | Wiederholungen |
|---|---|---|---|
| Satelliten-DNA | 2 – 100 | 10 – 1000 | |
| Short tandem repeat | STR | 2 – 10 | 10 – 1000 |
| Mikrosatellit | 2 – 4 | 10 – 1000 | |
| Minisatellit | 10 – 100 | 4 – 40 | |
| Long Terminal Repeat | LTR | 200 – 600 | |
| Short interspersed nuclear element | SINE | 100 – 500 | |
| Long interspersed nuclear element | LINE | 6000 – 7000 | |
| Variable number tandem repeat | VNTR |
Satelliten-DNA
Satelliten-DNA findet sich häufig in Zentromer und Telomerbereichen.
sehr kurze Abschnitte:
Short tandem repeats: Eine Abfolge von 2-10 Basenpaaren die sich 10 bis 1000 mal wiederholt.
Untergruppe der STRs: Mikrosatelliten 2-4 Basenpaare lang.
kurze Abschnitte:
Minisatelliten: Eine Abfolge von 10 bis 100 Basenpaaren, die sich 4-40 mal wiederholt.
SINEs und LINEs
SINEs und LINEs sind relativ gleichverteilt über die Chromosomen zu finden.
SINEs (Short interspersed nuclear elements) sind 100-500 Basenpaare lang, LINEs (Long interspersed nuclear elements) sind 6000–7000 Basenpaare lang.
CRISPR
In den meisten Prokaryoten befinden sich CRISPR-Abschnitte repetitiver DNA, die bis zu 1 % des Genoms ausmachen. Diese bilden einen Mechanismus, der dem Prokaryoten Immunität gegen Bakteriophagen und andere Fremd-DNA verschaffen kann.
Literatur
- Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer: Biochemie. 6 Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2007. ISBN 978-3-8274-1800-5.
- Donald Voet, Judith G. Voet: Biochemistry. 3. Auflage, John Wiley & Sons, New York 2004. ISBN 0-471-19350-X.
- Ussery, David W.; Wassenaar, Trudy; Borini, Stefano (22. Dezember 2008). Word Frequencies, Repeats, and Repeat-related Structures in Bacterial Genomes. Computing for Comparative Microbial Genomics: Bioinformatics for Microbiologists. Computational Biology 8 (1 ed.). Springer. ISBN 978-1-84800-254-8. S. 133–144.
- Bruce Alberts, Alexander Johnson, Peter Walter, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts: Molecular Biology of the Cell, 5. Auflage, Taylor & Francis 2007, ISBN 978-0815341062.