Phaeovirus

Phaeovirus
Schemazeichnung: Virion der Gattung Phaeovirus, typisch für die Familie Phycodnaviridae
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Varidnaviria[1] Reich: Bamfordvirae[1] Phylum: Nucleocytoviricota[1] Klasse: Megaviricetes[1] Ordnung: Algavirales[1] Familie: Phycodnaviridae Gattung: Phaeovirus
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA linear Baltimore: Gruppe 1 Symmetrie: sphärisch/ikosaedrisch
Wissenschaftlicher Name
Phaeovirus
Links
NCBI Taxonomy: 181085 ViralZone (Expasy, SIB): 590 ICTV Taxon History: 201904314

Phaeovirus ist eine Gattung von Viren in der Familie der Phycodnaviridae und gehört damit zum Phylum Nucleocytoviricota (alias Nucleo­cyto­plas­mic large DNA viruses, NCLDV).^[1] Als natürliche Wirte dienen Algen der Ordnung Ectocarpales. Es gibt (mit Stand 30. April 2024) drei Spezies in dieser Gattung.^[2][3] Der Wortbestandteil Phaeo- ist abgeleitet von griechisch φαιός phaiós: „dunkel“.

Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) hat mit Stand 30. April 2024 folgende Spezies anerkannt:^[2][4]

Gattung Phaeovirus

• Spezies Phaeovirus feldmanniae mit

  Feldmannia species virus (FLSV, FsV, FspV, Wirt Feldmannia sp., Ectocarpales: Acinetosporaceae)^[5][6]

• Spezies Phaeovirus irregularis mit

  Feldmannia irregularis virus a (FirrV-a, auch FirrV-1)

• Spezies Phaeovirus unasiliculosus mit

  Ectocarpus siliculosus virus 1 (EsV-1, ehem. Typusspezies, Wirt Ectocarpus siliculosus, Ectocarpales: Ectocarpaceae^[7])

Nicht mehr offiziell geführt werden folgende Vertreter:

• Spezies „Ectocarpus siliculosus virus a“ (EsV-a, auch EsV-1a, Wirt Ectocarpus siliculosus, Ectocarpales: Ectocarpaceae^[7])
• Spezies „Ectocarpus fasciculatus virus a“ (EfV-a, Wirt Ectocarpus fasciculatus)
• Spezies „Feldmannia species virus a“ (FsV-a)
• Spezies „Hincksia hinckiae virus a“ (HhV-a, auch HhV-1, Wirt Hincksia hinckiae, Ectocarpales: Acinetosporaceae)
• Spezies Myriotrichia clavaeformis virus a (McV-a, auch McV-1, Wirt Myriotrichia clavaeformis, Ectocarpales: Chordariaceae)
• Spezies „Pilayella littoralis virus 1“ (PlV-1, Wirt Pylaiella littoralis — sic! siehe WoRMS^[8] und AlgaeBase,^[9] Ectocarpales: Acinetosporaceae)

Eine Liste, die auch einzelne Stämme (Isolate) und Abkürzungen aufführt findet man bei ScienceDirect.^[10] Oft – nicht immer – bezeichnet der Zusatz -a eine Spezies, -1 den zugehörigen Typus-Stamm (Isolat).

Die folgende Systematik folgt Schulz et al. (2018) mit Korrekturen und Ergänzungen nach Hao et al. (2018):^[11][12]

YSLPV = „Yellowstone Lake Phycodnavirus“
DSLPV = „Dishui Lake Phycodnavirus“

Greiner et al. (2018) sehen YLPV2 (alias YSLPV2, Yellowstone Phycodnavirus 2) jedoch nicht in der Klade der Viren vom Chlorovirus-Typ.^[15]

Die Virionen (Virusteilchen) der Phaeoviren haben eine Hülle mit ikosaedrischer oder sphärischer Geometrie mit der Triangulationszahl T=169. Der Durchmesser beträgt ca. 120–150 nm.

Das Genom ist linear und hat eine Länge von etwa 150–350 Kbp (Kilobasenpaaren).^[3]

Bei der Typusspezies EsV-1 haben die Virionen einen Durchmesser von 200 nm, die Genomlänge beträgt 335.593 bp, es werden vorhergesagt 240 Proteine kodiert und der GC-Gehalt liegt bei 51,7 %.^[16][17]

Die Virusreplikation geschieht nukleo-cytoplasmatisch (vom Zellkern ins Zytoplasma). Das Virus verlässt die Wirtszelle durch Lyse vermittels lytischer Phospholipide. Die Übertragung geschieht durch passive Diffusion.^[3]

• Dickson Kinyanyi, George Obiero, Peris W Amwayi, Stephen Mwaniki, Mark Wamalwa: In silico structural and functional prediction of African swine fever virus protein-B263R reveals features of a TATA-binding protein., In: PeerJ, Band 6, Nr. 4, S. e4396, 2018; doi:10.7717/peerj.4396, ResearchGate:323344287 (englisch). Siehe S. 13, insbes. Fig. 7.
• Weijia Zhang, Jinglie Zhou, Taigang Liu, Yongxin Yu, Yingjie Pan, Shuling Yan, Yongjie Wang: Four novel algal virus genomes discovered from Yellowstone Lake metagenomes. In: Scientific Reports, Band 5, Artikel Nr. 15131, 13. Oktober 2015; doi:10.1038/srep15131 (englisch).

1. ↑ ^{a b c d e f} ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
2. ↑ ^{a b} ICTV: Taxonomy Browser.
3. ↑ ^{a b c} Viral Zone. ExPASy, abgerufen am 21. Dezember 2018 (englisch). 
4. ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
5. ↑ William H. Wilson, Ilana C. Gilg, Mohammad Moniruzzaman, Erin K. Field, Sergey Koren, Gary R. LeCleir, Joaquín Martínez Martínez, Nicole J. Poulton, Brandon K. Swan, Ramunas Stepanauskas, Steven W. Wilhelm: Genomic exploration of individual giant ocean viruses, in: ISME Journal, Band 11, Nr. 8, August 2017, S. 1736–1745, doi:10.1038/ismej.2017.61, PMC 5520044 (freier Volltext), PMID 28498373
6. ↑ Christoph M. Deeg, Cheryl-Emiliane T. Chow, Curtis A. Suttle: The kinetoplastid-infecting Bodo saltans virus (BsV), a window into the most abundant giant viruses in the sea, in: eLife 7, 27. März 2018, e33014, doi:10.7554/eLife.33014. Hier insbes.: Fig. 6 Supplement 1
7. ↑ ^{a b} Nicolas Delaroque, Wilhelm Boland: The genome of the brown alga Ectocarpus siliculosus contains a series of viral DNA pieces, suggesting an ancient association with large dsDNA viruses. In: BMC Evolutionary Biology, Band 8, Nr. 110, 12. April 2008; doi:10.1186/1471-2148-8-110, PMID 18405387, PMC 2373305 (freier Volltext) (englisch). Mit Genomkarte.
8. ↑ WoRMS: Pilayella littoralis (Linnaeus) Kjellman, 1872 (x Status: unaccepted), und Pylaiella littoralis (Linnaeus) Kjellman, 1872 (✔︎ Status: accepted)
9. ↑ Guiry & Guiry: Pylaiella littoralis, AlgaeBase, World-wide electronic publication, National University of Ireland, Galway 2018 (Aufgerufen am 21. Dezember 2018)
10. ↑ Phycodnaviridae: List of species in the genus Phaeovirus, Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses, in: Virus Taxonomy (ScienceDirect), 2012, S. 249-262, doi:10.1016/B978-0-12-384684-6.00024-0
11. ↑ Frederik Schulz, Lauren Alteio, Danielle Goudeau, Elizabeth M. Ryan, Feiqiao B. Yu, Rex R. Malmstrom, Jeffrey Blanchard, Tanja Woyke: Hidden diversity of soil giant viruses. In: Nature Communications, Band 9, Nr. 4881, 19. November 2018; doi:10.1007/s00705-016-2853-4 (englisch).
12. ↑ Hao Chen, Weijia Zhang, Xiefei Li, Yingjie Pan, Shuling Yan, Yongjie Wang: The genome of a prasinoviruses-related freshwater virus reveals unusual diversity of phycodnaviruses. In: BMC Genomics, Dezember 2018, 19:49 (online 15. Januar 2018); doi:10.1186/s12864-018-4432-4 (englisch)
13. ↑ Fumito Maruyama, Shoko Ueki: Evolution and Phylogeny of Large DNA Viruses, Mimiviridae and Phycodnaviridae Including Newly Characterized Heterosigma akashiwo Virus. In: Front. Microbiol. 30. November 2016, doi:10.3389/fmicb.2016.01942, PMC 5127864 (freier Volltext), PMID 27965659.
14. ↑ Eugene V. Koonin, Natalya Yutin: Multiple evolutionary origins of giant viruses. In: F1000 Research. 22. November 2018; doi:10.12688/f1000research.16248.1, version 1 (englisch).
15. ↑ ^{a b c d} Timo Greiner, Anna Moroni, James L. Van Etten, Gerhard Thiel: Genes for Membrane Transport Proteins: Not So Rare in Viruses. In: MDPI Viruses, Band 10, Nr. 9, Special Issue Algae Virus, 26 August 2018, 456; doi:10.3390/v10090456 (englisch).
16. ↑ Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel: Mimiviridae: An Expanding Family of Highly Diverse Large dsDNA Viruses Infecting a Wide Phylogenetic Range of Aquatic Eukaryotes]. In: Viruses. 2018 Sep; 10(9), 18. September 2018, S. 506, doi:10.3390/v10090506, PMC 6163669 (freier Volltext), PMID 30231528, Tab. 2
17. ↑ David M. Needham, Alexandra Z. Worden et al.: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators, in: PNAS, 23. September 2019, doi:10.1073/pnas.1907517116, ISSN 0027-8424, hier: Supplement 1 (xlsx)

• Viralzone: Phaeovirus
• ICTV