Ovaliviridae

Ovaliviridae

Ovaliviridae, 3D-Schemazeichnung[2][3][Anm. 1]

Systematik
Klassifikation:Viren
Realm:nicht klassifiziert[1]
Reich:nicht klassifiziert[1]
Phylum:nicht klassifiziert[1]
Klasse:nicht klassifiziert[1]
Ordnung:nicht klassifiziert[1]
Familie:Ovaliviridae[1]
Gattung:Alphaovalivirus
Taxonomische Merkmale
Genom:dsDNA linear
Baltimore:Gruppe 1
Symmetrie:ovaloid
Hülle:behüllt
Wissenschaftlicher Name
Ovaliviridae
Links
NCBI Taxonomy:2560062 (Familie),
2560089 (Gattung)
ICTV Taxon History:201906899

Ovaliviridae ist die Bezeichnung für eine Familie von Viren, die Archaeen infizieren, und bisher keinen höheren taxonomischen Rängen zugeordnet ist.[4]

Die Familie enthält bisher nur eine einzige Gattung, Alphaovalivirus, die eine einzige vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bestätigte Spezies enthält, Sulfolobus ellipsoid virus 1 (SEV1).[5]

Sulfolobus ellipsoid virus 1 wurde aus einer sauren Thermalquelle (86–106° C, pH 2,2–2,5) in der Laguna Fumarólica (en. Fumarolic Lagoon, 10,7729° N, 85,3441° W,[6][7] Nationalpark Rincón de la Vieja, Costa Rica), isoliert; der einzige bekannte Wirt ist Sulfolobus sp. A20 [en] (Familie Sulfolobaceae [en] im Phylum Crenarchaeota).[8][Anm. 2]

Beschreibung

Aufbau

SEV1: (A) Negativ-Kontrast-EM-Aufnahme, Maßstab 200 nm, (B–D) Kryo-EM-Aufnahmen. Maßstäbe jeweils 50 nm.[2][Anm. 1]
Virionen von SEV1: (a) EM-Aufnahme, Balken 200 nm; (B) Kryo-EM-Aufnahme, Balken 50 nm; (c) Draufsicht, Balken 50 nm..[4][Anm. 1]

Die Virionen (Viruspartikel) von SEV1 enthalten ein Protein-Kapsid aus 16 regelmäßig angeordneten Streifen. Sie sind von einer Lipidmembran umhüllt. Die Virus-DNA wickelt sich (wahrscheinlich in Form eines Nukleoprotein-Filaments) in einer Ebene um die Längsachse des Virions und bildet eine mehrschichtige, scheibenförmige Struktur mit einem zentralen Loch. Diese sechzehn Teile sind so gestapelt, dass sie ein spulenartiges Kapsid zu erzeugen.

Auf der Oberfläche der von SEV1 infizierten Zellen erscheinen virus-assoziiert pyramidenartige Gebilde mit Sechsfach-Symmetrie; diese brechen dann auf, um eine sechseckige Öffnung für die anschließende Freisetzung von Nachkommenschaft an Viruspartikeln. Die einzigartige Form und Architektur der Ovalivirus-Partikel wurde bis dato weder bei bakteriellen noch bei eukaryotischen Viren beobachtet und ist daher spezifisch für Archaeen-Viren.[2]

Genom

Genomkarte Ovaliviridae.[2][Anm. 1]

Das Genom von Sulfolobus ellipsoid virus 1 ist unsegmentiert (monopartit) und besteht aus einem linearen dsDNA-Molekül mit einer Länge von 23.219 bp (Basenpaaren), davon sind 172 bp invertierte terminale Wiederholungen (en. inverted terminal repeats).[2]

Systematik

Familie Ovaliviridae

  • Gattung Alphaovalivirus
  • Spezies Sulfolobus ellipsoid virus 1 (SEV1, Typus)[9]
  • ohne Gattungszuordnung:
  • Spezies „Sulfolobales Beppu virus 1“ (SBV1)[10]

Anmerkungen

  1. ↑ a b c d Das Material wurde von dieser Quelle kopiert, die unter einer Creative Commons Attribution 4.0 International License verfügbar ist.
  2. ↑ Einige Mitglieder der Gattung Sulfolobus wurden reklassifiziert in die Gattung Saccharolobus derselben Familie, nämlich S. shibatae und S. solfataricus, nicht aber S. tengchongensis und S. acidocaldarius:
    • LPSN: Saccharolobus, Sulfolobus, S. shibatae, S. solfataricus
    • Hiroyuki D. Sakai, Norio Kurosawa: Saccharolobus caldissimus gen. nov., sp. nov., a facultatively anaerobic iron-reducing hyperthermophilic archaeon isolated from an acidic terrestrial hot spring, and reclassification of Sulfolobus solfataricus as Saccharolobus solfataricus comb. nov. and Sulfolobus shibatae as Saccharolobus shibatae comb. nov, in: Int J Syst Evol Microbiol 68(4), April 2018, S. 1271–1278, Epub 27. Februar 2018, doi:10.1099/ijsem.0.002665, PMID 29485400
    • Anh Le-Cook, James Musser: Sulfolobus/Saccharolobus, Extreme Viruses Lab (Stedman Lab)

Einzelnachweise

  1. ↑ a b c d e f ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. ↑ a b c d e Li Huang, Haina Wang, Mart Krupovic, Stuart G. Siddell: dsDNA Viruses > Ovaliviridae, Virus Taxonomy: 2019 Release. ICTV Online.
  3. ↑ Haina Wang, et al.: Novel Sulfolobus Virus with an Exceptional Capsid Architecture. In: Journal of Virology. Band 92, Nr. 5, 2018, ISSN 0022-538X, doi:10.1128/JVI.01727-17, PMID 29212941, PMC 5809745 (freier Volltext).
  4. ↑ a b Li Huang, Haina Wang, ICTV Report Consortium: ICTV Virus Taxonomy Profile: Ovaliviridae. In: The Journal of General Virology. 17. Dezember 2020. doi:10.1099/jgv.0.001546. PMID 33331812.
  5. ↑ ICTV Report Ovaliviridae.
  6. ↑ Brian M. Hynek, J. Wang, N. Dragone et al.: Microbial Diversity and Functionality in Extreme Mars Analog Settings: Acid-Sulfate Hydrothermal Systems in Costa Rica and Iceland. 51st Lunar and Planetary Science Conference (2020)
  7. ↑ flickr, mapio
  8. ↑ X. Dai, H. Wang, Z. Zhang, K. Li, X. Zhang, M. Mora-López, C. Jiang, C. Liu, L. Wang, Y. Zhu, W. Hernández-Ascencio, Z. Dong, L. Huang: Genome Sequencing of Sulfolobus sp. A20 from Costa Rica and Comparative Analyses of the Putative Pathways of Carbon, Nitrogen, and Sulfur Metabolism in Various Sulfolobus Strains.. In: Frontiers in Microbiology. 7, 2016, S. 1902. doi:10.3389/fmicb.2016.01902. PMID 27965637. PMC 5127849 (freier Volltext).
  9. ↑ ICTV: ICTV Taxonomy history: Sulfolobus ellipsoid virus 1, EC 50, Washington, DC, July 2018; Email ratification February 2019 (MSL #34)
  10. ↑ NCBI: Sulfolobales Beppu virus 1 (species).

Weblinks

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ODD.Ovali.Fig1 WEB Sulfolobus ellipsoid virus 1 (A-D) NSEM.png
Autor/Urheber: Li Huang, Haina Wang, Mart Krupovic, Stuart G. Siddell, Lizenz: CC BY-SA 4.0
Ovaliviridae. Virion structure of Sulfolobus ellipsoid virus 1 (A) Negative-staining electron micrographs of virions (Scale bar: 200 nm). Inset, a virion with capsid striations and an envelope (Scale bar: 100 nm). (B) Cryo-electron micrograph of virions (Scale bar: 50 nm). (C) A thin slice from the cryo-electron tomograph (Scale bar: 50 nm). Top view (Scale bar: 50 nm).
ODD.Ovali.Fig1 WEB Sulfolobus ellipsoid virus 1 (E) 3D-Schema.png
Autor/Urheber: Li Huang, Mart Krupovic, Stuart G. Siddell, Haina Wang et al., Lizenz: CC BY-SA 4.0
Ovaliviridae: Schematic 3-D model (modified from Haina Wang et al., 2018)
ICTV Virus Taxonomy Profile Ovaliviridae Fig1 (abc).png
Autor/Urheber: Li Huang, Haina Wang​, ICTV Report Consortium, Lizenz: CC BY-SA 4.0
Virions of Sulfolobus ellipsoid virus 1. (a) Negative-stain electron micrograph (bar, 200 nm). (b) Cryo-electron micrograph (bar, 50 nm). (c) Top view (bar, 50 nm).
ODD.Ovali.Fig2.v3-Genome.png
Autor/Urheber: ICTV: Li Huang, Haina Wang, Mart Krupovic, Stuart G. Siddell, Lizenz: CC BY-SA 4.0
Ovaliviridae. Sulfolobus ellipsoid virus 1 genome organization. The size and direction of each predicted ORF or genetic element is indicated by an arrow. Colours indicate ORFs with a putative function (blue), those homologous to ORFs from other archaeal viruses or containing conserved motifs (green), and those having no significant sequence matches to known sequences in public databases (grey). The inverted terminal repeats (ITRs) are coloured orange.