Lenarviricota

Lenarviricota

Phylum Lenarviricota: TEM-Aufnahmen von Virionen des Ourmia melon virus (links) und Bakteriophagen Qβ an einem Pilus von E. coli (unten); Narna- und Mitoviren haben kein Kapsid oder gar Virushülle (rechts)

Systematik
Klassifikation:Viren
Realm:Riboviria[2]
Reich:Orthornavirae[1]
Phylum:Lenarviricota
Taxonomische Merkmale
Genom:(+)ssRNA
Wissenschaftlicher Name
Lenarviricota
Links
NCBI Taxonomy:186767
ViralZone (Expasy, SIB):303
ICTV Taxon History:202003916

Lenarviricota ist ein Phylum von RNA-Viren, das alle Einzelstrang-RNA-Viren positiver Polarität umfasst, die Prokaryoten infizieren; einige Mitglieder infizieren aber auch Eukaryoten.[3]

Der Name des Phylums ist eine Zusammenziehung aus den Namen der Gründungsmitgliederfamilien Leviviridae (jetzt Fiersviridae bw. Klasse Leviviricetes) und Narnaviridae, zusammen mit dem Suffix -viricota, das ein Virenphylum bezeichnet.[4]

Es wird vermutet, dass der Ursprung der Lenarviricota bereits vor dem des letzten universellen gemeinsamen Vorfahren (LUCA) aller zellulären Organismen liegen könnte.[5]

Systematik

Kapsidaufbau des Bakteriophagen MS2 (offiziell Emesvirus zinderi, Familie Fiersviridae)
Phylogenetischer Baum der Lenarviricota (oben), Genom­karte ver­schie­dener Mit­glieder mit den wichtigsten konservierten Proteinen (unten)

Die vom ICTV bestätigte Taxonomie der Lenarviricota ist mit Stand 18. Juni 2021 wie folgt:[6][1]

Phylum Lenarviricota

  • Klasse Amabiliviricetes mit einziger Ordnung Wolframvirales, darin einzige Familie Narnaviridae
  • Klasse Howeltoviricetes mit einziger Ordnung Cryppavirales, darin einzige Familie Mitoviridae
  • Klasse Leviviricetes
  • Ordnung Norzivirales
    • Familie Atkinsviridae
    • Familie Duinviridae
    • Familie Fiersviridae
    • Familie Solspiviridae
  • Ordnung Timlovirales
  • Familie Blumeviridae
  • Familie Steitzviridae
  • Ordnung nicht bestimmt
  • Familie nicht bestimmt
  • Gattung Chimpavirus
  • Gattung Hohglivirus
  • Gattung Mahrahovirus
  • Gattung Meihzavirus
  • Gattung Nicedsevirus
  • Gattung Sculuvirus
  • Gattung Skrubnovirus
  • Gattung Tetipavirus
  • Gattung Winunavirus
  • Klasse Miaviricetes mit einziger Ordnung Ourlivirales, diese mit einziger Familie Boto­urmia­viridae

Das NCBI listet darüber hinaus mehr als 860 weitere bisher noch nicht weiter zugeordnete Vorschläge/Kandidaten als Mitgliedsspezies der Lenarviricota auf (Stand 18. Juni 2021).[7]

Phylogenie

Molekulargenetische Analysen haben die folgenden phylogenetischen Beziehungen zwischen den Familien ergeben:[8][9]

 Lenarviricota 
 Norzivirales 

Atkinsviridae


   

Solspiviridae


   

Fiersviridae (früher Leviviridae)


   

Duinviridae





   
 Timlovirales 

Blumeviridae


   

Steitzviridae



   

Howeltoviricetes > Mitoviridae


   

Miaviricetes > Botourmiaviridae


   

Amabiliviricetes > Narnaviridae






Vorlage:Klade/Wartung/Style

Anmerkung: Im Gegensatz zur ICTV-Taxonomie clustern hier die Timlovirales mit den Botourmiaviridae/Mitoviridae/Narnaviridae und nicht mit den Norzivirales, do dass die Leviviricetes (Norzivirales/Timlovirales/…) nicht als Klade (monophyletische Gruppe) erscheinen.

Einzelnachweise

  1. ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  2. ↑ ICTV Master Species List 2018b.v2. MSL #34, März 2019.
  3. ↑ Yuri I. Wolf, Darius Kazlauskas, Jaime Iranzo, Adriana Lucía-Sanz, Jens H. Kuhn, Mart Krupovic, Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin: Origins and Evolution of the Global RNA Virome. In: mBio. 9, Nr. 6, 21. Dezember 2018, ISSN 2150-7511. doi:10.1128/mBio.02329-18. PMID 30482837.
  4. ↑ Eugene V. Koonin, Valerian V. Dolja, Mart Krupovic, Arvind Varsani, Yuri I. Wolf, Natalya Yutin, M. Zerbini, J. H. Kuhn: Proposal: Create a megataxonomic framework, filling all principal taxonomic ranks, for realm Riboviria (en) In: International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV).
  5. ↑ Mart Krupovic, Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin: The LUCA and its complex virome.. In: Nature Reviews Microbiology. 14. Juli 2020. doi:10.1038/s41579-020-0408-x. PMID 32665595.
  6. ↑ Virus Taxonomy: 2020 Release. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). März 2021. Abgerufen am 16. Mai 2021.
  7. ↑ NCBI unclassified Lenarviricota (list)
  8. ↑ Yuri I. Wolf, Sukrit Silas, Yongjie Wang, Shuang Wu, Michael Bocek, Darius Kazlauskas, Mart Krupovic, Andrew Fire, Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin: Doubling of the known set of RNA viruses by metagenomic analysis of an aquatic virome. In: Nature, Band 5, S. 1262–1270, 20. Juli 2020, doi:10.1038/s41564-020-0755-4
  9. ↑ Dann Turner, Andrew M. Kropinski. Evelien M. Adriaenssens: A Roadmap for Genome-Based Phage Taxonomy, in: MDPI Viruses, Band 13, Nr. 506, 18. März 2021, doi:10.3390/v13030506

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Lenarviricota virion montage.png
Autor/Urheber:
  • File:OPSR.Botourmia.Fig2.v1.png – María A. Ayllón, Massimo Turina, Jiatao Xie, Luca Nerva, Shin-Yi Lee Marzano, Livia Donaire, and Daohong Jiang
  • File:RdRp and RNA genome.png – ViralZone, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
  • File:Bacteriophage Qβ attached to sex pilus of E. coli.jpg – Dr Graham Beards
, Lizenz: CC BY-SA 4.0
A montage of transmission electron micrographs and illustration of different viruses classified in the phylum Lenarviricota. Not to scale. Identities clockwise from top left:
  • Ourmia melon virus
  • Narnaviruses and Mitoviruses have no virion (genome and RdRp form naked ribonucleoprotein complex)
  • Bacteriophages Qβ attached to the pilus of E. coli
Ms2capsid.png
Autor/Urheber: Naranson, Lizenz: CC BY-SA 3.0
Cartoon representation of the entire bacteriophage MS2 protein capsid (pdb id 1AQ3).The three quasi-equivalent conformers in the structure are labelled blue (chain a), green (chain b) and magenta (chain c). The view is approximately down an icosahedral 5-fold symmetry axis.
MBio.02329-18.F2.large.jpg
Autor/Urheber: Yuri I. Wolf, Darius Kazlauskas, Jaime Iranzo, Adriana Lucía-Sanz, Jens H. Kuhn, Mart Krupovic, Valerian V. Dolja, Eugene V. Koonin, Lizenz: CC BY-SA 4.0
Branch 1 of the RNA virus RNA-dependent RNA polymerases (RdRps): leviviruses and their relatives. (A) Phylogenetic tree of the virus RdRps showing ICTV-accepted virus taxa and other major groups of viruses. Approximate numbers of distinct virus RdRps present in each branch are shown in parentheses. Symbols to the right of the parentheses summarize the presumed virus host spectrum of a lineage. Green dots represent well-supported (≥0.7) branches. (B) Genome maps of a representative set of branch 1 viruses (drawn to scale) showing color-coded major conserved domains. Where a conserved domain comprises only a part of the larger protein, the rest of this protein is shown in light gray. The locations of such domains are approximated (indicated by fuzzy boundaries). CP, capsid protein; MP, movement protein; S3H, superfamily 3 helicase; SJR1 and SJR2, single jelly-roll capsid proteins of type 1 and type 2 (see Fig. 7).