Komigrationsstandard

DNA-Banden unter UV-Licht: Links ist der Komigrationsstandard aufgetragen, der als „Leiter“ erscheint

Als Komigrationsstandard oder Comigrationsstandard (umgangssprachlich auch Größenmarker, Größenleiter) bezeichnet man in der Biochemie und Molekularbiologie eine Probe bekannter Zusammensetzung, die in gelelektrophoretischen oder gelpermeationschromatographischen Auftrennungsverfahren eingesetzt wird, um einen Größenvergleich der Moleküle in Proben unbekannter Zusammensetzung zu ermöglichen. Dabei wird die Migration der enthaltenen Substanzen, beispielsweise Proteine oder DNA, in der Probe bekannter Zusammensetzung (Protein- oder DNA-Leiter) mit der Migration der Probe unbekannter Zusammensetzung verglichen. Eine gleiche Migrationsweite im Gel deutet dabei auf gleiche elektrophoretische Laufeigenschaften hin. Die gleichen Laufeigenschaften können mit Gelelektrophoresen, die einen direkten Zusammenhang zwischen der elektrophoretischen Mobilität und der molaren Masse aufweisen (z. B. Proteine per SDS-PAGE, DNA und RNA per Agarose-Gelelektrophorese), zur Bestimmung der Molmasse der in der Probe enthaltenen Moleküle verwendet werden.

DNA-Marker

DNA-Marker werden in der Agarose-Gelelektrophorese und der Polyacrylamid-Gelelektrophorese verwendet. Einer der früheren DNA-Marker war die DNA des Bakteriophagen λ, die mit dem Restriktionsenzym Hind III geschnitten wurde. Ein weiterer DNA-Marker war die mit HaeIII geschnittene DNA aus dem Bakteriophagen X174. Dabei waren die Größen der Fragmente in unregelmäßigen Abständen zueinander. Durch Ligation von Fragmenten von 100 Basenpaaren Länge kann eine DNA-Leiter mit ebendiesen Abständen erzeugt werden. Es wurden auch längere DNA-Sequenzen mit regelmäßigen Restriktionsschnittstellen per Polymerasekettenreaktion (PCR) erzeugt und anschließend mit der Restriktionsendonuklease SmaI teilweise geschnitten.[1] Weiterhin wurden ausschließlich PCR-basierte Methoden zur Erzeugung von DNA-Leitern entwickelt.[2][3][4]

Proteinmarker

Proteinmarker in der linken Spur. Dicke Banden von oben nach unten: 66, 45, 35, 24, 18 und 9 kDa. In den übrigen Spuren sind gereinigte Hefeproteine aufgetrennt.

Typische Proteine in Proteinmarkern

ProteinMolmasse in einer SDS-PAGE (kDa)
Beta-Galactosidase120[5]
Phosphorylase B94
Bovines Serumalbumin (BSA)67[6]
Ovalbumin42,8
Truthahn-Albumin40[6]
Carboanhydrase30[6]
Soja-Trypsininhibitor20,1[6]
α-Lactalbumin14,4[6]
Lysozym14[7]

Literatur

  • Friedrich Lottspeich, Joachim W. Engels (Hrsg.): Bioanalytik. 2. Aufl., Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2006, ISBN 978-3827415202.
  • Hubert Rehm, Thomas Letzel: Der Experimentator: Proteinbiochemie / Proteomics. 6. Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2009. ISBN 978-3-8274-2312-2.
  • Cornel Mülhardt: Der Experimentator: Molekularbiologie/Genomics. Sechste Auflage. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2008. ISBN 3-8274-2036-9.

Einzelnachweise

  1. ↑ Vo Thi Thuong Lan, Pham Thi Thanh Loan, Pham Anh Thuy Duong, Le Thi Thanh, Ngo Thi Ha, Ta Bich Thuan: Straightforward Procedure for Laboratory Production of DNA Ladder. In: Journal of Nucleic Acids. 2012, 2012, S. 1, doi:10.1155/2012/254630.
  2. ↑ MohammadReza Mofid, Mahdi Abbasian, Hadieh AlsadatEslampanah Seyedi, ZahraKhalili Boroujeni: Easy method for production of a home-made DNA ladder in every laboratory. In: Advanced Biomedical Research. 4, 2015, S. 70, doi:10.4103/2277-9175.153894. PMID 25878995.
  3. ↑ Saied Mostaan, Mehdi Ajorloo, Hossein Khanahmad, RezaAhangari Cohan, ZahraRikhtegaran Tehrani, Maryam Rezaei, Fateme Fazeli, Mehdi Behdani, SakinehKarimi Zare, Zeinab Karimi, Seyed Mozhgani, Rasul Moukhah: A novel combined method for cost-benefit production of DNA ladders. In: Advanced Biomedical Research. 4, 2015, S. 15, doi:10.4103/2277-9175.148298. PMID 25625121.
  4. ↑ T.-Y. Wang, L. Wang, F. Wang: Methodology Simplified preparation of a DNA ladder using PCR. In: Genetics and Molecular Research. 10, 2011, S. 1631, doi:10.4238/vol10-3gmr1177.
  5. ↑ weight-marker/ Prestained Protein Molecular Weight Marker.. In: ThermoScientific. Abgerufen am 12. November 2013.Vorlage:Cite web/temporär
  6. ↑ a b c d e Margareta Ingelman: Courses%2FKE7001per3%2FLabs%2Fprot_purana_lab_05.doc Protein separation and analysis. In: KE7001 Biochemistry Labs. 2004. Abgerufen am 12. November 2013.Vorlage:Cite web/temporär
  7. ↑ Protein Molecular Weight Markers. In: Help Biotech. 2011. Abgerufen am 12. November 2013.Vorlage:Cite web/temporär

Auf dieser Seite verwendete Medien

Coomassie3.jpg
Autor/Urheber: Yikrazuul, Lizenz: CC BY-SA 3.0
Coomassie gefärbtes Gel. Für Einzelheiten siehe eins drüber und viel Spaß.
Gel electrophoresis 2.jpg
Autor/Urheber: Mnolf, Lizenz: CC BY-SA 3.0
Gelelektrophorese: 6 "DNA-Spuren". Links eine Kontrollspur mit bekannten Fragmentgrößen als Referenz. Verschiedene Banden zeigen verschiedene Fragmentgrößen (je kleiner, desto schneller wandern sie, desto weiter unten im Bild); Helligkeit ist relativ zur Konzentration (je heller, desto mehr DNA).