ImageJ

ImageJ
Basisdaten
Entwickler	Wayne Rasband (NIH)
Aktuelle Version	1.53t[1][2] (24. August 2022)
Betriebssystem	plattformunabhängig
Programmiersprache	Java
Kategorie	Bildbearbeitung, Bildverarbeitung
Lizenz	public domain
deutschsprachig	nein
rsb.info.nih.gov/ij/, imagej.net

ImageJ ist ein Bildbearbeitungs- und Bildverarbeitungsprogramm. Es wird vielfach für medizinische und wissenschaftliche Bildanalyse genutzt, zum Beispiel zum Vermessen von Strukturen auf Mikroskopaufnahmen. In der Druckvorstufe wird es für Farbraumanalysen verwendet.

Das Programm und der Quelltext sind gemeinfrei (public domain, Open Source) und dürfen daher frei kopiert und von jedermann verändert werden.^[3]

Die Funktionalität des Programms kann durch Hunderte von Plug-ins erweitert werden.^[4][5] Zusätzlich ist die API von ImageJ dabei so entworfen, dass ImageJ selbst ebenso als Bildverarbeitungsbibliothek in andere Programme eingebunden werden kann. ImageJ ist in Java geschrieben und damit plattformübergreifend verwendbar.

Entwicklung

Das Hauptfenster von ImageJ (Debian Linux mit Gnome3). Die Statusleiste zeigt, dass sowohl ImageJ2 (2.0.0-rc-43), als auch ImageJ1 (1.51d) enthalten sind.

ImageJ wird seit 1997 von Wayne Rasband, einem ehemaligen Mitarbeiter der National Institutes of Health, entwickelt.^[6] ImageJ1 ist die Kernkomponente der Software, die als ImageJ verfügbar ist. Mit ImageJ2 und Fiji (Fiji Is Just ImageJ) existieren zwei Projekte, die die Entwicklung von ImageJ in einem größeren Team vorantreiben.

Bei ImageJ2 liegt der Fokus auf einer Trennung von grafischer Benutzeroberfläche und der Verarbeitung der Daten.^[7] Dazu wird ImgLib2 verwendet, eine Bibliothek für die Verarbeitung multidimensionaler Bilddaten.^[8] In ImageJ sind sowohl ImageJ1 als auch ImageJ2 enthalten.

Fiji (Rekursives Akronym für Fiji is just ImageJ) wurde ursprünglich initiiert, um möglichst viele Werkzeuge für die Analyse von Bildern biologischer Proben in einer Software zu vereinen.^[9][10] Dazu wurde ImageJ um eine Vielzahl von Plug-ins erweitert und unter dem Namen Fiji zum Download angeboten. Viele Funktionen, die zu Fiji hinzugefügt wurden, sind mittlerweile auch Bestandteil von ImageJ, wie zum Beispiel der Updater und der Script-Editor.

Bio7 ist eine Anwendung basierend auf Eclipse, die ImageJ als ein Plugin integriert. Das Eclipse-Plugin enthält neben einer flexiblen Darstellung von Bildern einen mächtigen ImageJ-Skripteditor, der auch das Debuggen von ImageJ-Makros unterstützt.^[11] Das Plugin kann unabhängig in Eclipse als Erweiterung installiert werden.^[12]

Literatur

• Wilhelm Burger und Mark J. Burge: Digitale Bildverarbeitung – Eine algorithmische Einführung mit Java (3rd ed.). Springer, 2015, ISBN 978-3-642-04603-2. 
• Wilhelm Burger und Mark J. Burge: Digitale Bildverarbeitung – Eine Einführung mit Java und ImageJ (2nd ed.). Springer, 2006, ISBN 978-3-540-30940-6. 
• Caroline A Schneider, Wayne S Rasband und Kevin W Eliceiri: NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis. In: Nature Methods. Band 9, 2012, S. 671–675, doi:10.1038/nmeth.2089. 

Weblinks

Commons: ImageJ – Sammlung von Bildern, Videos und Audiodateien

• ImageJ – Image Processing and Analysis in Java (englisch)
• ImageJ – An open platform for scientific image analysis (englisch)
• ImageJ Information and Documentation Portal (englisch)

Einzelnachweise

1. ↑ ImageJ Release Notes. 24. August 2022.
2. ↑ github.com.
3. ↑ ImageJ Disclaimer. In: imagej.nih.gov. National Institute of Health, abgerufen am 6. August 2021. 
4. ↑ Liste verfügbarer Plug-ins auf rsb.info.nih.gov/ij/. Abgerufen am 22. Februar 2016.
5. ↑ Liste verfügbarer Plug-ins auf imagej.net. Abgerufen am 22. Februar 2016.
6. ↑ Introduction. In: imagej.nih.gov. National Institutes of Health, abgerufen am 6. August 2021. 
7. ↑ Curtis T. Rueden, Johannes Schindelin, Mark C. Hiner, Barry E. DeZonia, Alison E. Walter, Ellen T. Arena, Kevin W. Eliceiri: ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. In: BMC Bioinformatics. Band 18, Nr. 1, 2017, ISSN 1471-2105, S. 529, doi:10.1186/s12859-017-1934-z, PMID 29187165. 
8. ↑ Tobias Pietzsch, Stephan Preibisch, Pavel Tomančák, Stephan Saalfeld: ImgLib2—generic image processing in Java. In: Bioinformatics. Band 28, Nr. 22, 2012, ISSN 1460-2059, S. 3009–3011, doi:10.1093/bioinformatics/bts543, PMID 22962343. 
9. ↑ Johannes Schindelin, et al.: Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. In: Nature Methods. 9, 2012, S. 676–682. doi:10.1038/nmeth.2019.
10. ↑ Fiji Übersichtsseite auf imagej.net. Abgerufen am 22. Februar 2016.
11. ↑ Johannes Schindelin, Curtis T. Rueden, Mark C. Hiner, Kevin W. Eliceiri: The ImageJ ecosystem: an open platform for biomedical image analysis. In: Molecular reproduction and development. Band 82, Nr. 7-8, 2015, ISSN 1040-452X, S. 518–529, doi:10.1002/mrd.22489, PMID 26153368, PMC 5428984 (freier Volltext). 
12. ↑ ImageJ Plugin. Eclipse Marketplace, abgerufen am 6. August 2021 (englisch).