Geplafuvirales

Geplafuvirales
Good msv 3.jpg

Gereinigtes Maize streak virus (MSV),
(Geminiviridae). Maßstab 50 nm.

Systematik
Klassifikation:Viren
Realm:Monodnaviria[1]
Reich:Shotokuvirae
Phylum:Cressdnaviricota
Klasse:Repensiviricetes
Ordnung:Geplafuvirales
Taxonomische Merkmale
Genom:(+/-)ssDNA zirkulär
Baltimore:Gruppe 2
Symmetrie:ikosaedrisch/dimer-ikosaedrisch
Hülle:keine
Wissenschaftlicher Name
Geplafuvirales
Links
NCBI Taxonomy:2732539
ICTV Taxon History:202007375

Geplafuvirales ist die einzige Ordnung von Viren in der Klasse Repensiviricetes des Phylums der CRESS-DNA-Viren Cressdnaviricota.[2][1][3] Zur Ordnung gehören neben isolierten Virusstämmen auch per Metagenomik erfasste (und hinreichend vollständige) Contigs (englisch auch metagenome-assembled genomes, MAGs genannt) aus der Verwandtschaft der Familie Geminiviridae, beispielsweise die Familie Genomoviridae.

Die Phylogenie der CRESS-DNA-Viren zeigt (mit Stand April 2019) zwei große Kladen, von denen die erste die Familien Geminiviridae, Genomoviridae und die (bisher taxonomisch nicht erfasste) Gruppe der CRESSV6-Viren umfasst. Das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) ist dem 2019er Vorschlag gefolgt und hat diese erste Klade als Ordnung Geplafuvirales offiziell bestätigt.[3]

Beschreibung

Wie bei allen CRESS-DNA-Viren kodiert das Genom der Geplafuvirales für ein Replikations-Initiations-Protein (Rep oder REP) und ein Kapsidprotein (Cap, CAP oder CP).

Gemeinsames und kennzeichnendes Merkmal des REP der Geplafuvirales ist das sog. GRS-Motiv (en. Geminivirus Rep Sequence), das sich zwischen den Motiven II und III befindet und in der anderen Großklade der CRESS-DNA-Viren nicht vorkommt. Dieses Motiv ermöglicht vermutlich die räumliche Anordnung der Motive II und III im REP.[4][5][3] Im Übrigen fehlt den Geminiviridae und Genomoviridae, nicht aber CRESSV6, der Argininfinger im Helikasemotiv.[3]

Etymologie

Die Namen der Klasse und Ordnung leiten sich entsprechend dem Vorschlag an das ICTV von 2019 wie folgt her:[3]

  • Repensiviricetes ist ein Portmanteau (Kofferwort), zusammengesetzt aus Rep-encoding single strand und der Endung -viricetes für Virusklassen.
  • Geplafuvirales ist zusammengesetzt aus ge- für Gemini-/Genomo-, pla- für Pflanzen (en. plants) und fu- für Pilze (lat. fungi), -virales ist die Endung für Virusordnungen.

Systematik

Ungewurzelter Phylogenetischer Baum der CRESS-DNA-Viren nach Kazlauskas, Varsani und Krupovic (2018, Supplement).[6] Der nach rechts unten zeigende Ast entspricht den Geplafuvirales.

Aktuell (Stand 25. Juni 2021) hat die Ordnung folgende Zusammensetzung:[1]

Ordnung Geplafuvirales

  • Familie Geminiviridae
  • Familie Genomoviridae
  • Familie „CRESSV6-Viren“ („CRESSV6 viruses“)[3]
    alias „CRESS6“ (Vorschlag, mit provisorischen Namen)[7][6][8]
  • Familie „CRESS-Rec2“ (Vorschlag, mit provisorischem Namen)[6]
  • Gattung(?) „Nepavirus“ („Nepal gemini-like virus“, NepaV, teilw. verschrieben als „Nimivirus“) – wahrscheinlich in eigener Familie neben Geminiviridae.[9][10][11]

Einzelnachweise

  1. ↑ a b c ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  2. ↑ Virus Taxonomy: 2019 Release. In: talk.ictvonline.org. International Committee on Taxonomy of Viruses. Abgerufen am 22. Juni 2121.
  3. ↑ a b c d e f Mart Krupovic, Arvind Varsani, Jens H. Kuhn, D. Kazlauskas, M. Breitbart, E. Delwart, K. Rosario, N. Yutin, Y. I. Wolf, B. Harrach, F. M. Zerbini, V. V. Dolja, E. V. Koonin: Create 1 new phylum (Cressdnaviricota) including 2 classes and 6 orders for classification of CRESS-DNA viruses, Vorschlag 2019.012DA.v1.Cressdnaviricota (ZIP von docx und xlsx); April 2019
  4. ↑ Tara E. Nash, Mary B. Dallas, Maria Ines Reyes, Gregory K. Buhrman, J. Trinidad Ascencio-Ibañez, Linda Hanley-Bowdoin: Functional analysis of a novel motif conserved across geminivirus Rep proteins, in: J Virol, Band 85, S. 1182–1192, PMID 21084480, PMC 3020519 (freier Volltext), doi:10.1128/JVI.02143-10
  5. ↑ Arvind Varsani, Mart Krupovic: Sequence-based taxonomic framework for the classification of uncultured single-stranded DNA viruses of the family Genomoviridae, in: Virus Evol. Band 3, Nr. 1, Januar 2017, vew037, doi:10.1093/ve/vew037, PMC 5399927 (freier Volltext), PMID 28458911
  6. ↑ a b c Hiroto Kaneko, Morgan Gaia, Rodrigo Hernández-Velázquez, Patrick Forterre, Curtis A. Suttle, Hiroyuki Ogata et al.: Eukaryotic virus composition can predict the efficiency of carbon export in the global ocean, in: iScience, Band 24, Nr. 1, 22. Januar 2021, 102002, doi: 10.1016/j.isci.2020.102002, PMC 7811142 (freier Volltext), PMID 33490910; siehe Fig. 1(C)
  7. ↑ Darius Kazlauskas, Arvind Varsani, Mart Krupovic: Pervasive Chimerism in the Replication-Associated Proteins of Uncultured Single-Stranded DNA Viruses, in: MDPI Viruses, Band 10, Nr. 4, Special Issue Viral Recombination: Ecology, Evolution and Pathogenesis, 10. April 2018, 187, doi:10.3390/v10040187; siehe auch Fig. S1 in Supplement S1 (ZIP: pdf, xlsx)
  8. ↑ Lele Zhao, Karyna Rosario, Mya Breitbart, Siobain Duffy: Chapter Three - Eukaryotic Circular Rep-Encoding Single-Stranded DNA (CRESS DNA) Viruses: Ubiquitous Viruses With Small Genomes and a Diverse Host Range, in: Advances in Virus Research, Band 103, 2019, S. 71–133, doi:10.1016/bs.aivir.2018.10.001, Epub 5. Dezember 2018. Insbes. siehe Fig. 3
  9. ↑ Terry Fei Fan Ng, Rachel Marine, Chunlin Wang, Peter Simmonds, Beatrix Kapusinszky, Ladaporn Bodhidatta, Bamidele Soji Oderinde, K. Eric Wommack, Eric Delwart: High variety of known and new RNA and DNA viruses of diverse origins in untreated sewage. In: J Virol., Band 6, Nr. 2), 18. Oktober 2012, S. 12161–12175. doi:10.1128/JVI.00869-12
  10. ↑ NCBI: 1229325 Nepavirus (species)
  11. ↑ Achim Quaiser, Mart Krupovic, Alexis Dufresne, André-Jean Francez, Simon Roux: Diversity and comparative genomics of chimeric viruses in Sphagnum-dominated peatlands, in: Virus Evolution, Band 2, Nr. 2, Juli/Oktober 2016, vew025, doi:10.1093/ve/vew025. Insbes. Fig. 3

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Picture taken by Kassie Kasdorf, presently at Plant Protection Research Institute, Pretoria, for the University of Cape Town. In the collection of Professor Ed Rybicki, Dept Molecular & Cell Biology, University of Cape Town, and copyrighted by him.
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Autor/Urheber: Darius Kazlauskas, Arvind Varsani, Mart Krupovic, Lizenz: CC BY-SA 4.0
Phylogenetic tree of all CRESS DNA viruses based on full-length Rep amino acid

sequences. Clades containing classified CRESS DNA virus groups and those identified in this study are marked. Branches with support lower than 70% were collapsed. The phylogeny was inferred using PhyML [32] with the rtREV+G+F substitution model using

the alignment containing 473 positions.