Demerecviridae

Demerecviridae

Schemazeichnung eines
Virions von Escherichia-Virus T5, Tequintavirus

Systematik
Klassifikation:Viren
Realm:Duplodnaviria[2][3]
Reich:Heunggongvirae
Phylum:Uroviricota
Klasse:Caudoviricetes[1]
Ordnung:incertae sedis
Familie:Demerecviridae
Taxonomische Merkmale
Genom:dsDNA linear
Baltimore:Gruppe 1
Symmetrie:ikosaedrisch, tailed
(Siphoviren)
Wissenschaftlicher Name
Demerecviridae
Links
NCBI Taxonomy:2731690
ViralZone (Expasy, SIB):10317
ICTV Taxon History:201908080

Demerecviridae ist die Bezeichnung für eine Familie von Viren mit sog. Kopf-Schwanz-Aufbau (Klasse Caudoviricetes), die Bakterien und Archaeen verschiedener Arten (Spezies) infizieren (solche bakteriellen Viren werden auch Bakteriophagen genannt).[4] Der erste isolierte Phage von diesem Typ war der Coliphage T5.

Die Familie enthält drei Unterfamilien (Markadamsvirinae, Mccorquodalevirinae und Ermolyevavirinae), sowie einige Vertreter ohne Zuordnung zu einer solchen.[2]

Etymologie

Die Familie wurde benannt zu Ehren von Milislav Demerec (1895–1966), einem kroatisch-amerikanischen Genetiker, der Pionierarbeit auf dem Gebiet der Bakteriophagen leistete, indem er zusammen mit dem italienisch-amerikanischen Physiker Ugo Fano (1912–2001) 1945 erstmals den Coliphagen T5 aus einer Mischung isolierte, die ihnen von Tony L. Rakieten[5] (Long Island College of Medicine, USA) zur Verfügung gestellt wurde.[4]

Beschreibung

Mitglieder dieser Familie sind Caudoviren (Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur) vom Morphotyp der Siphoviren (ehemalige Familie Siphoviridae, von der die Familie durch das ICTV ausgegliedert wurde).

Ihre natürlichen Wirte sind Bakterien aus einer Reihe von Gattungen: Aeromonas, Escherichia, Klebsiella, Pectobacterium, Proteus, Providencia, Salmonella, Shigella, Vibrio und Yersinia[4] (alle Gammaproteobacteria); sowie eventuell noch einige andere der Proteobacteria (siehe §Systematik, Vorschläge).

Das dsDNA-Genom von Coliphage T5 (AY543070.1) ist 121,75 kbp (Kilobasenpaare) lang, hat einen GC-Gehalt von 39,3 mol% und kodiert 162 Proteine und 24 tRNAs (Transfer-RNAs). Es zeichnet sich durch lange (etwa 10,219 kbp oder mehr) direkte terminale Wiederholungen (englisch direct terminal repeats) aus.[4]

In der gesamten Familie reicht die Genomlänge von etwa 106,2 bis 122,8 kbp, und der GC-Gehalt variiert von 39,1 bis 45,2 mol%.[4]

Systematik

Gemäß International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) gliedert sich die Familie Demerecviridae mit Stand 12. Februar 2021 wie folgt in Unterfamilien, Gattungen und Arten (von letzteren ist hier nur eine Auswahl wiedergegeben, zusammen mit einer Auswahl an Vorschlägen nach NCBI in Anführungszeichen):[3][4][6]

Familie Demerecviridae

  • Unterfamilie Ermolyevavirinae (Vibriophagen)
    • Gattung Cetovirus
      • Spezies Vibrio-Virus Ceto (englisch Vibrio virus Ceto, Typus)
      • Spezies Vibrio-Virus Thalassa (en. Vibrio virus Thalassa)
    • Gattung Jesfedecavirus
      • Spezies Vibrio-Virus JSF10 (en. Vibrio virus JSF10, Typus)
      • Spezies Vibrio-Virus JSF12 (en. Vibrio virus JSF12)
      • Spezies Vibrio-Virus phi3 (en. Vibrio virus phi3)
    • Gattung Vipunavirus (Vibriophagen)
      • Spezies Vibrio-Virus pVp1 (en. Vibrio virus pVp1)
  • Unterfamilie Markadamsvirinae
    • Gattung Epseptimavirus (Wirte: Escherichien, Salmonellen)
      • Spezies Escherichia-Virus EPS7 (en. Escherichia virus EPS7, Typus)
      • Spezies Salmonella-Virus 123 (en. Salmonella virus 123)
    • Gattung Haartmanvirus (Wirte: Yersinien, nicht zu verwechseln mit der Schlangenvirus-Gattung Hartmanivirus, Familie Arenaviridae, oder der ihr zugehörigen Spezies Haartman hartmanivirus)[7]
      • Spezies Yersinia virus phiR201 (en. Yersinia virus phiR201)
    • EM-Aufnahme eines
      Virions von Escherichia-Virus T5.
      Modell von Lactococcus-Phage TP901-1. Basisplatte aktiv, Bindung an Poly­saccharide.
      Gattung Tequintavirus (früher T5likevirus , Wirte: Escherichien, Salmonellen, Shigellen, evtl. Epsilonproteobacteria: Campylobacter)[8]
      • Spezies Escherichia-Virus AKFV33 (en. Escherichia virus AKFV33)
      • Spezies Escherichia-Virus BF23 (en. Escherichia virus BF23)
      • Spezies Escherichia-Virus chee24 (en. Escherichia virus chee24)
      • Spezies Escherichia-Virus DT5712 (en. Escherichia virus DT5712)
      • Spezies Escherichia-Virus DT57C (en. Escherichia virus DT57C)
      • Spezies Escherichia-Virus FFH1 (en. Escherichia virus FFH1)
      • Spezies Escherichia-Virus Gostya9 (en. Escherichia virus Gostya9)
      • Spezies Escherichia-Virus H8 (en. Escherichia virus H8)
      • Spezies Escherichia-Virus mar004NP2 (en. Escherichia virus mar004NP2)
      • Spezies Escherichia-Virus OSYSP (en. Escherichia virus OSYSP)
      • Spezies Escherichia-Virus phiAPCEc03 (en. Escherichia virus phiAPCEc03)
      • Spezies Escherichia-Virus phiLLS (en. Escherichia virus phiLLS)
      • Spezies Escherichia-Virus slur09 (en. Escherichia virus slur09)
      • Spezies Escherichia-Virus T5 (en. Escherichia virus T5, Typus, mit Escherichia-Phage T5)
      • Spezies Salmonella-Virus NR01 (en. Salmonella virus NR01)
      • Spezies Salmonella-Virus S131 (en. Salmonella virus S131)
      • Spezies Salmonella-Virus Shivani (en. Salmonella virus Shivani)
      • Spezies Salmonella-Virus SP01 (en. Salmonella virus SP01)
      • Spezies Salmonella-Virus SP3 (en. Salmonella virus SP3)
      • Spezies Salmonella-Virus SPC35 (en. Salmonella virus SPC35)
      • Spezies Shigella-Virus SHSML45 (en. Shigella virus SHSML45)
      • Spezies Shigella-Virus SSP1 (en. Shigella virus SSP1)
      • Spezies „Campylobacter phage C8“ (en. „Campylobacter phage C8“)
      • Spezies „Campylobacter-Phage C13“ (en. „Campylobacter phage C13“)
      • Spezies „Salmonella-Phage 5“ (en. „Salmonella phage 5“)
  • Unterfamilie Mccorquodalevirinae (Wirte: Pectobakterien)
    • Gattung Hongcheonvirus
      • Spezies Pectobacterium-Virus DUPPV (en. Pectobacterium virus DUPPV, Typus)
    • Gattung Myunavirus
      • Spezies Pectobacterium-Virus My1 (en. Pectobacterium virus My1, Typus)
  • ohne zugewiesene Unterfamilie:
    • Gattung Novosibvirus (Wirte: Proteus)
      • Spezies Proteus-Virus PM135 (en. Proteus virus PM135, Typus)
      • Spezies Proteus-Virus Stubb (en. Proteus virus Stubb)
      • Spezies „Proteus-Phage 1“ (en. „Proteus phage 1“)
      • Spezies „Proteus-Phage 2“ (en. „Proteus phage 2“)
      • Spezies „Proteus-Phage M4H10_20“ (en. „Proteus phage M4H10_20“)
    • Gattung Pogseptimavirus (Wirte: Vibrionen)
      • Spezies Vibrio-Virus PG07 (en. Vibrio virus PG07, Typus)
      • Spezies Vibrio-Virus VspSw1 (en. Vibrio virus VspSw1)
      • Spezies „Vibrio-Phage ValDsh2“ (en. „Vibrio phage ValDsh2“)
      • Spezies „Vibrio-Phage valsw3“ (en. „Vibrio phage valsw3“)
      • Spezies „Vibrio-Phage vB_ValS_X1“ (en. „Vibrio phage vB_ValS_X1“)
      • Spezies „Vibrio-Phage vspsw1“ (en. „Vibrio phage vspsw1“)
    • Gattung Priunavirus
      • Spezies Priunavirus PR1 (früher Providencia virus PR1, Wirte: Morganellaceae)
    • Gattung Shenzhenvirus (Wirte: Aeromonas)
      • Spezies Aeromonas-Virus AhSzw1 (en. Aeromonas virus AhSzw1, Typus)
      • Spezies Aeromonas virus AhSzw1 (en. Aeromonas virus AhSzw1)
    • Gattung Sugarlandvirus (Wirte: Klebsiellen)
      • Spezies Klebsiella-Virus Sugarland (en. Klebsiella virus Sugarland, Typus)
      • Spezies „Bacteriophage Eos“
    • ohne zugewiesene Gattung
      • Spezies „Aeromonas phage Akh-2“ (en. „Aeromonas phage Akh-2“)
      • Spezies „Pantoea phage vB_PagS_AAS21“ (en. „Pantoea phage vB_PagS_AAS21“, Wirte: Pantoea)
      • Spezies „Salmonella phage vB_SalS_SA001“ (en. „Salmonella phage vB_SalS_SA001“)
      • Spezies „Serratia phage Slocum“ (en. „Serratia phage Slocum“, Wirte: Serratia)

Einzelnachweise

  1. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
  2. ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  3. ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  4. ↑ a b c d e f Evelien M. Adriaenssens, Mart Krupovic et al.: Taxonomy of prokaryotic viruses: 2018-2019 update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee, in: Archives of Virology 165, 11. März 2020, S. 1253–1260, doi:10.1007/s00705-020-04577-8, PDF
  5. ↑ NIH PubMed: Rakieten TL[Aut<nowiki/>hor]
  6. ↑ NCBI: Demerecviridae (family)
  7. ↑ NCBI: Hartmanivirus (genus)
  8. ↑ SIB: Tequintavirus. Auf: ViralZone.

Auf dieser Seite verwendete Medien

T5likevirus virion.jpg
Autor/Urheber: ViralZone, SIB Swiss Institute of Bioinformatics: Tequintavirus., Lizenz: CC BY 4.0
Schemazeichnung eines Virusteilchens von Enterobacteria-Phage T5 (Querschnitt und Seitenansicht)
T5likevirus EM2.jpg
Autor/Urheber: ViralZone, SIB Swiss Institute of Bioinformatics: T5likevirus. Platforme de microscopie électronique de l'IBS (Institut de Biologie Structurale), Lizenz: CC BY 4.0
EM-Aufnahme von T5likevirus
Viruses-12-00512-g001-T5.jpg
Autor/Urheber: Adeline Goulet, Silvia Spinelli, Jennifer Mahony, Christian Cambillau, Lizenz: CC BY 4.0
Model of Escherichia phage T5. Base plate active, binding to proteins. Host: Escherichia coli.