Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis

Die amplified rDNA restriction analysis (zu deutsch ‚amplifizierte ribosomale DNA-Restriktionsanalyse‘, ARDRA) ist eine molekularbiologische Methode zur DNA-Analyse, genauer zum Nachweis von Polymorphismen in einem Gen, das einen Teil der rRNA des Ribosoms codiert.[1] ARDRA ist eine Variante der RFLP beim Gen der 16S rRNA von Bakterien.

Prinzip

Die ARDRA kombiniert eine Amplifikation des Gens der bakteriellen 16S-rRNA (etwa 1500 Basenpaare) mit einer Restriktion (sequenzspezifische enzymatische Spaltung durch AluI, HaeIII, TaqI u. a.)[2] der Amplifikate und einer Auftrennung der erzeugten Restriktionsfragmente per Gelelektrophorese. Dabei entsteht ein für eine bestimmte Art charakteristisches Muster im Gel.[3] Um eine ausreichende Anzahl an Schnittstellen in der rDNA zu gewährleisten, wird meistens ein Restriktionsenzym mit einer vergleichsweise kurzen Erkennungssequenz von vier Basenpaaren verwendet. Die für die jeweiligen Arten charakteristischen Muster können gruppiert werden, um daraus ein Kladogramm zu erstellen.

Alternativ zur ARDRA können zur Typisierung unter anderem die RFLP, die SSCP oder die DNA-Sequenzierung verwendet werden.

Geschichte

ARDRA wurde 1993 von M. Vaneechoutte und anderen ursprünglich zur Typisierung von Mykobakterien entwickelt und später für andere Arten erweitert.[1][4][5]

Einzelnachweise

  1. ↑ a b M. Vaneechoutte, H. De Beenhouwer, G. Claeys, G. Verschraegen, A. De Rouck, N. Paepe, A. Elaichouni, F. Portaels: Identification of Mycobacterium species by using amplified ribosomal DNA restriction analysis. In: Journal of clinical microbiology. Band 31, Nummer 8, August 1993, ISSN 0095-1137, S. 2061–2065, PMID 8396586, PMC 265696 (freier Volltext).
  2. ↑ A. C. Cihan: Taxonomic classification of Anoxybacillus isolates from geothermal regions in Turkey by 16S rRNA gene sequences and ARDRA, ITS-PCR, Rep-PCR analyses. In: Polish journal of microbiology / Polskie Towarzystwo Mikrobiologów = The Polish Society of Microbiologists. Band 62, Nummer 2, 2013, ISSN 1733-1331, S. 149–163, PMID 24053018.
  3. ↑ M. Y. Sklarz, R. Angel, O. Gillor, M. I. Soares: Evaluating amplified rDNA restriction analysis assay for identification of bacterial communities. In: Antonie van Leeuwenhoek. Band 96, Nummer 4, November 2009, ISSN 1572-9699, S. 659–664, doi:10.1007/s10482-009-9380-1, PMID 19777364, PMC 2764076 (freier Volltext).
  4. ↑ M. Vaneechoutte, L. Dijkshoorn, I. Tjernberg, A. Elaichouni, P. de Vos, G. Claeys, G. Verschraegen: Identification of Acinetobacter genomic species by amplified ribosomal DNA restriction analysis. In: Journal of clinical microbiology. Band 33, Nummer 1, Januar 1995, ISSN 0095-1137, S. 11–15, PMID 7699025, PMC 227870 (freier Volltext).
  5. ↑ T. Stakenborg, J. Vicca, P. Butaye, D. Maes, T. De Baere, R. Verhelst, J. Peeters, A. de Kruif, F. Haesebrouck, M. Vaneechoutte: Evaluation of amplified rDNA restriction analysis (ARDRA) for the identification of Mycoplasma species. In: BMC infectious diseases. Band 5, 2005, ISSN 1471-2334, S. 46, doi:10.1186/1471-2334-5-46, PMID 15955250, PMC 1177949 (freier Volltext).