Die Österreichische Fußballmeisterschaft 1999/2000 wurde vom Verein Österreichische Fußball-Bundesliga ausgerichtet. Als Unterbau zur max.Bundesliga diente die eingleisig geführte Erste Division. Die dritte Leistungsstufe repräsentierten die Regionalligen Ost (Wien, Niederösterreich, Burgenland), Mitte (Oberösterreich, Steiermark, Kärnten) und West (Salzburg, Tirol, Vorarlberg).
Die Meisterschaft der Saison 1999/2000 konnte der FC Tirol Innsbruck für sich entscheiden und sich damit zum ersten Mal zum österreichischen Fußballmeister krönen. Der Verein gewann den Titel knapp vor dem Vorjahressieger Sturm. Die Entscheidung war erst am letzten Spieltag mit einem 2:1-Sieg der Tiroler über die Wiener Austria gefallen. Zur Halbzeit – bei der es noch 1:1 gestanden war – waren noch die Grazer in der Tabelle in Führung, ehe Baur den FC Tirol mit einem Kopfballtor erlöste. Beide Titelduellanten durften allerdings an der Qualifikation zur Champions League 2001 teilnahmen, wobei Tirol nach dem Ausscheiden gemeinsam mit Rapid und Cupsieger GAK im UEFA-Cup 2001 spielte. Den mit Abstand größten internationalen Erfolg hatte Sturm in der Champions League: die Qualifikation gelang über Hapoel und Feyenoord, die Gruppenphase wurde vor Galatasaray, Monaco und den Rangers gewonnen. Erst in der Zwischenrunde kam das Aus als Dritter hinter Valencia und Manchester und vor Panathinaikos.
1 Karel Vácha hat den Verein während der Saison verlassen.
Zweite Leistungsstufe – Erste Division
Den Vereinen SK Vorwärts Steyr und FCN St. Pölten wurde nach dem Herbstdurchgang die Lizenz entzogen. Über beide Vereine wurde ein Konkursantrag eröffnet. Alle Begegnungen der Frühjahrsrunde wurden mit 3 Punkten und 3:0 Toren für die Gegner gewertet; die direkten Duelle wurde mit 0 Punkten und 0:0 Toren gewertet. Der FCN St. Pölten wurde in weiterer Folge aufgelöst, der SK Vorwärts Steyr begann neu in der untersten Spielklasse im oberösterreichischen Landesverband.
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